特に影響はないですが、ホストするポート番号がHTTPのデフォルトポートである80であっても「:80」が付く。無駄にURLが長くなるのが気になります。

検索結果で日本語が文字化けするだけでなく、検索そのものが出来ていない様子です。

コメント、トラックバックの投稿通知をするに設定。
メールタイトル、本文の内容などが文字化け。（ローカライズもされていない）
エントリー投稿の通知も同様と思われます。

表題の通り。US版での動作は確認していません。

MultiUserモードで他のユーザBlogへ移動した際、前にカテゴリが選択されていた場合、その設定がセッションに残ってしまっているようで、エントリーがない、などの表示になることがあります。

カテゴリAllをクリックすると正常に戻ります。どこかのタイミングでクリアする必要があります。

こちらのエントリーから他のブログのエントリーにトラックバックPingを送信する際、HTMLタグがついたままになっている。
編集できる状態で表示されるため、削除すればよいが面倒である。

また、サイドバーのコメント文の要約についても同様。

これは仕様なのかなと思いますが、ブログ設定やテーマの表示機能において、他のユーザのテーマファイルが見れたり設定できたりします。 複数ユーザにブログをホストする場合、都合が悪いこともあります。

ブログの設定にある、Recent blog entries（最近のエントリー）で指定した値（デフォルトでは３）はカテゴリーを選択した状態でも適用されるようです。

しかし、MovableTypeなどではカテゴリーアーカイブとしてカテゴリー内のエントリーすべてが表示されます。

動的ページなのでエントリー数が多い場合負荷がかかるにしても、デフォルトでは３つしか表示されないので大変読みづらいし、記事を見落としがち。

MovableTypeの初期設定のように、固定リンク（Permalink）の表示方法はサイドバーのない表示の方が一般的のように思います。

そうなると印刷用っていうのと同じになります。固定リンクとして一つにしたほうがシンプルで良いと思います。

タイトルのとおりで、RDF1.0では更新日付のタグがない。

RSS2.0で日付のフォーマットが違う。（日本語の曜日が...）

当然、RSSリーダーでうまく表示されないということになります。