このコメントのようにネストした場合のノード管理に不具合があるような気がします。
ただしネストしていなくてもエラーが起こることもあるので、この問題は深刻かもしれません。

まだ不十分、というかこれではダメで、
ネストしたコメントの場合、子のコメントもきちんと削除しなくてはいけませんでした。

上記の修正は誤りで、RemoveBlogEntryAction.processにコメント・トラックバックを削除する処理を追加し、さらにBlogEntry.removeCommentでは親コメントを消すと子にアクセスできなくなるので新しいメソッドを追加します。

[RemoveBlogEntryAction.processのtry節]
List list = blogEntry.getComments();
Iterator it = list.iterator();
while (it.hasNext()) {
 Comment c = (Comment)it.next();
 blogEntry.removeComment(c);
}
//同様にSimpleBlog.trackbackRemoved()が呼ばれRecentTrackbacksと整合性がとれる
list = blogEntry.getTrackBacks();
it = list.iterator();
while (it.hasNext()) {
 blogEntry.removeTrackBack(((TrackBack)it.next()).getId());
}
blogEntry.remove();
dailyBlog.removeEntry(blogEntry);

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メソッド：BlogEntry.removeComment(Comment comment);を追加