方法はいくつかありますが、
ここではプロパティファイルで表示できるテーマを設定する方法を説明します。

まず、/WEB-INF/classes/pebble.propertiesに、
blog.validthemes=default,classic
を追加。（必要に応じて変更）

テーマのリストを取り込む部分は、
pebble.controller.actionのEditBlogPropertiesActionとViewThemeActionです。

どちらにも、List themes = new ArrayList();
の構文を見つけられると思います。

ここらあたりを以下のようなソースに変更します。

Properties properties = new Properties();
try {
　properties.load(getClass().getClassLoader().getResourceAsStream("pebble.properties"));
　String str = properties.getProperty("blog.validthemes");
　StringTokenizer st = new StringTokenizer(str, ",");
　while (st.hasMoreTokens()) {
　　String tk = st.nextToken();
　　if (tk.length()>0) themes.add(tk);
　}
} catch (IOException ex) {}

シングルユーザーモードは自身のテーマが「custom」という名前なので、

themes.add(blog.getId());
ではまずいです。

themes.add(blog.getEditableTheme().getName());
とする必要があります。